Vznik známého Tolerančního kostela ve Velké Lhotě souvisí s osobou císaře Josefa II., který vydal roku 1781 tzv. Toleranční patent, jež povoluje a zrovnoprávňuje protestantská (evangelická) vyznání s vyznáním katolickým. Již následujícího roku byl na Velké (tehdy Hrubé) Lhotě ustanoven evangelický sbor, jehož první mše se konaly ve stodole Jiřího Fabiána. I přes tíživou situaci si však zdejší evangelíci vystavěli jednoduchou dřevěnou modlitebnu. První bohoslužba se v novostavbě konala na svátek sv. Petra a Pavla v roce 1783. Kostel měl podobu větší dřevěné obdélné patrové stavby ze smrkových trámů s mansardovou střechou pokrytou šindelem. Podle předepsaného vzoru pro evangelické modlitebny musel mít toleranční kostel malá okna, vstup z boční cesty, nesměl mít věž a ani zvony. Uvnitř kostela se na třech obvodových stranách nachází obvodová galerie, přístupná dvěma postranními schodišti. Dnešní vybavení v jednotném stylu pochází až z roku 1839. Interiér odpovídá tendenci přísné evangelické prostory a jednoduchosti, jediným dekorativním prvkem je malované bednění kazatelny, vyřezávané zábradlí pavlače, švabachem psané citáty z Bible na černých tabulích a citát z Matoušova evangelia na stropě kostela a stropní dekorativní orámování letopočtu založení stavby. Lavice byly soustředěny kolem oválného stolu. Ze dvou stran lemuje kostel zvenčí krytá podsíň. Kostel je vzácný svou ryzí jednoduchostí, kterou musely splňovat první toleranční kostely, a jež si dodnes uchoval bez pozdějších stavebních zásahů. V letech 1875-1895 působil ve zdejším tolerančním kostele jako farář Jan Karafiát, autor nesmrtelné dětské knihy Broučci, s jehož osobou je kostel i Velká Lhota neoddělitelně spjata. Ve Lhotě totiž rukopis Broučků dokončil a v roce 1876 vlastním nákladem vydal. Ze Lhoty Karafiát odešel 5.7. 1895 a místní si s ním ještě dlouhá léta dopisovali. Kostel dodnes slouží svému původnímu účelu.